Au début du XIIIe siècle, Gengis Khan fonda au nord de la Chine le Khanat mongol. En 1247, Gunga Gyaincain, un pandita (savant) de la Secte Sa'gyapa, et Godan, un prince mongol, se rencontrèrent à Liangzhou (l'actuelle ville de Wuwei, dans la province du Gansu) pour discuter de la soumission pacifique du Tibet au Khanat mongol et mettre au point le texte d'un système administratif régional. C'est ainsi que fut établi le pouvoir régional de la secte Sa'gyapa. En 1271, les Khans mongols prirent comme nom de dynastie celui des Yuan et huit ans plus tard, en 1279, réussirent à unifier la Chine. La dynastie des Yuan fit du Tibet une de ses régions administratives relevant directement du gouvernement central.

En 1260, Kubilay (1215-1294), le fondateur de la dynastie des Yuan, conféra le titre de 'Précepteur impérial' à Phagspa, neveu de Gunga Gyaincain et gardien de la Loi de la secte Sa'gyapa. En 1264, il établit le Conseil d'administration du Bouddhisme. En sa qualité du premier précepteur impérial, Phagspa fut aussi membre du Conseil d'administration du bouddhisme. Celui-ci établit des commandements dont les titulaires furent chargés de s'occuper des affaires militaires et politiques de la plupart des régions du Tibet. A l'échelon au-dessous de ces commandements responsables de l'administration, furent créées des unités appelées wanhu, regroupant chacune dix mille foyers, et d'autres, appelées qianhu, regroupant chacune mille foyers, dont les titulaires eurent également des responsabilités administratives. En 1265, Kubilay conféra le titre de 'Grand roi bouddhique' et de 'Premier précepteur impérial' à Phagspa. C'est sous les recommandations de Phagspa qu'il désigna les fonctionnaires locaux chargés d'administrer les affaires du Tibet, ainsi que les chefs des 13 unités wanhu. En 1268, 1287 et 1334, le gouvernement central des Yuan envoya à trois reprises ses fonctionnaires effectuer plusieurs recensements de la population du Tibet. Il fit également construire une quinzaine de relais, ouvrant la route de Dadu (l'actuelle Beijing), et définit et mit en application un système d'impôts et de corvée.